La gran expansión del Imperio fue posible gracias a la cuidada organización de la fuerza militar. Todo Inca entre 25 y 50 años tenía la obligación de servir en el ejército. Los altos mandos eran siempre miembros de las panacas nobles de Cuzco, y la jefatura suprema del ejército la tenía el propio Inca, que podía delegarla en alguno de sus generales o parientes cercanos.

Paralelamente a este ejército, se fue formando un grupo de militares de profesión, incluso a niveles medios y bajos de la tropa, reclutados especialmente entre ciertas etnias vencidas y luego incorporadas a esta tarea.

La acción militar se iniciaba con un desfile para impresionar al adversario. Los soldados marchaban con sus distintivos. El generalísimo iba en su litera y llevaba en su mano el emblema de su mando. A la vista del ejército enemigo, se hacía el alarde. El general o el Inca, pasaba revista a sus tropas mientras se hacían sonar instrumentos musicales. Luego venía la arenga y, finalmente, se efectuaba el ataque.

El poder del ejército Inca residió en dos elementos: la intendencia y la disciplina. Para facilitar el desplazamiento de sus ejércitos, los incas construyeron una vasta red de caminos. La existencia de postas a lo largo de esos caminos, servía para el descanso de las tropas en campaña y para el recambio de animales y armas. En cuanto a la disciplina, era muy rígida. No se permitía que un soldado abandonase la formación, ni siquiera durante la marcha de aproximación.