El emperador Inca era considerado un dios, por eso era obedecido por sus súbditos.

El Estado incaico fue teocrático porque el emperador, el Inca, era reconocido como el hijo del Sol, el dios más importante. Un consejo de nobles y sacerdotes, llamados orejones y pertenecientes a la familia real, asesoraban al Inca en las tareas de gobierno.

Cada vez que moría un Inca, se producía una guerra civil entre los pretendientes al trono: hijos del emperador fallecido, hermanos, sobrinos y miembros de otras familias. El que triunfaba era proclamado Inca y debía volver a restituir el orden, tras la anarquía en la que había estado sumido el Imperio.

De allí que los sucesivos Incas tomaran la costumbre de formar un linaje propio, llamado panaca. Terminó habiendo como una docena de panacas en Cuzco. Los parientes del Inca muerto, menos el hijo que lo sucedía, formaban una panaca y gozaban de las propiedades que había reunido el difunto durante su vida. Al asumir el nuevo Inca, era considerado huaccho o pobre, pero a través del ejercicio del poder volvía a acumular numerosos bienes.

Las funciones del Inca eran muchas y variadas. Dirigía el gobierno, a veces la guerra, mandaba construir ciudades y celebraba matrimonios. Cada año debía abrir los campos con un bastón de oro para devolverles la fertilidad, y barrer las enfermedades cuando llegaba la época de lluvias. Se cuenta que el Inca Pachacútec, tuvo que ir en persona a Arequipa, para apagar un volcán en erupción, con bolitas de arcilla mojadas en sangre de llama lanzadas con una honda.