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El tiburón de puntas negras del arrecife pertenece a un complejo grupo de tiburones, los Carcharhiniformes, o tiburones de los fondos.

Los tiburones se clasifican en ocho órdenes, cada uno de acuerdo a características físicas comunes que agrupan a especies emparentadas. A pesar de que parece bastante simple, clasificar a los tiburones no es nada fácil, debido a que las características empleadas para definirlos no son siempre inmediatamente obvias. Algunas de estas características incluyen el número de branquias, el número y tipo de aletas, la presencia de una membrana sobre el ojo, el tipo de reproducción e incluso la estructura de las válvulas del intestino. Como resultado, dos especies que lucen de modo similar pueden pertenecer a órdenes completamente distintos, como el tiburón Mako y el tiburón Azul, mientras que otros que lucen diferentes pueden ser miembros del mismo orden; un buen ejemplo de esto son el tiburón Alfombra y el Martillo, pertenecientes al mismo orden, los Carcarriniformes.

Clasificar a los tiburones es tan complicado que incluso los expertos no pueden concordar sobre cuáles especies precisamente pertenecen a qué orden. Algunas autoridades ponen al tiburón Anguila, del cual sólo se conoce una especie, en un orden separado que se denomina Chlamydoselaquiformes. Mientras, otros asignan a un grupo conocido como los tiburones zarza, cuyas dos especies son catalogados como Escualiformes por la mayoría de los taxonomistas, a un orden propio llamado Equinoriniformes.

Los ocho órdenes comúnmente más reconocidos son:

Heterodontiformes: Tiburones Cabeza de Toro, que contienen un solo género y sólo diez especies, incluyendo el Suño Cornudo.

Orectolobiformes: Tiburones Alfombra. 34 especies, incluyendo el Tiburón Ballena, el Tiburón Nodriza y el Tiburón Cebra.

Lamniformes: Tiburones Mackerel. 16 especies, incluyendo los muy conocidos Tiburón Blanco y el Mako.

Carcarriniformes: Tiburones de territorio. El grupo más complejo, con unas 270 especies, incluyendo los Tigre, Martillo y los Tiburones Punta Negra de Arrecife.

Hexanquiformes: Tiburones Vaca. 4 especies con seis o siete branquias.

Escualiformes: Pintarrojas. Unas 115 especies, incluyendo la Pintarroja, el Tiburón Gato y Tiburón Linterna.

Escuantiniformes: Tiburones Angel. Unas 18 especies, todos con forma aplanada.

Pristioforiformes: Tiburones Sierra. 8 especies, todos con hocico en forma de serrucho.